Khoa Nội Đông y được thành lập từ ngày 01 tháng 01 năm 2010
Trên cở sở tách ra từ khoa Nội Nhi Lây Đông y cũ,
Khoa Nội-Đy là 1 khoa lâm sàng của TTYT huyện vạn ninh.
Biên chế của khoa ban đầu và cho đến nay gồm 31 người.

Chức năng nhiệm vụ chủ yếu của khoa được quy định theo quy chế bệnh viện là: khám và điều trị các bệnh Nội khoa,khám và điều trị các bệnh bằng Đông y, kết hợp Đông – Tây y và ứng dụng các thiết bị điều trị Đông y – vật lý trị liệu. Ngoài ra khoa còn thực hiện tuyên truyền tư vấn - giáo  dục sức khỏe- vệ sinh phòng bệnh cho người bệnh và thực hiện công tác chỉ đạo tuyến.

Trong năm 2010 khoa hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.Thực hiện chỉ tiêu giường bệnh vượt cao, khoa được sở y tế Khánh Hòa khen thưởng.
Trong năm 2010 và 2011 khoa triển khai 10 kỷ thuật mới phục vụ người bệnh.
Khoa  đang phấn đấu năng cao chất lượng điều trị, chất lượng chăm sóc người bệnh, đồng thời ứng dụng các thiết bị máy móc mới trong điều trị nội khoa và Đông y Vật lý trị liệu

Khoa Nội -  Đông Y làm việc với khẩu hiệu hành động:

"Hiệu quả - Tận tình - Thân thiện!"